Mikroskoper er klassifisert basert på prinsippet om mikroskopi og kan deles inn i polariserende mikroskopi, optisk mikroskopi, elektronmikroskopi og digital mikroskopi.
1. Polariserende mikroskop er en type mikroskop som brukes i forskningsinstitutter for gjennomsiktige og ugjennomsiktige anisotrope materialer, og har viktige anvendelser i vitenskap og ingeniørfag som geologi.
2. Optiske mikroskoper er vanligvis sammensatt av optiske deler, belysningsdeler og mekaniske deler. Et optisk mikroskop kan forstørre et objekt 1600 ganger, med en minste oppløsningsgrense på 0,1 mikrometer.
3. Elektronmikroskoper har grunnleggende strukturelle egenskaper som ligner på optiske mikroskoper, men de har mye høyere forstørrelses- og oppløsningsmuligheter for objekter, ved å bruke elektronstrøm som en ny lyskilde for å avbilde objekter.
4. Bærbare mikroskoper er hovedsakelig en forlengelse av serien av digitale mikroskoper og videomikroskoper som har utviklet seg de siste årene
